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在府、县两级地方政权中，还设有一些专业的管理机构。府、县境内的关津要害设巡检司，巡检、副巡检率领弓兵（按徭役征集民兵的一种）负责警备。有的州县设有驿丞，负责管理驿站的舟车、夫马供应。府设有税课司，县设有税课局，设大使，负责征收商税、市税及民间的契税。另有河泊所掌收鱼税。有些地方设批验所，负责查验盐、茶引。府设僧纲、道纪两司，县设僧会、道会两司，管理佛教、道教徒众。
四、法律
明太祖称吴王时，即命丞相李善长为制定律令总裁官，参知政事杨宪、御史中丞刘基、翰林学士陶安等文臣参与编定律令。制令一百四十五条，后称《大明令》，“律”二百八十五条，后称《明律》。“令”以记载诸司制度为主，“律”是根据唐律损益调整。一三七四年加以修订，去掉原来临时性的条文，增加新的条款。一三八九年又本着“因时以定制，缘情以制刑”的原则，从法律的系统与体制方面，作更多的修订，使之趋于完备。一三九七年最后修订完成《大明律》，颁行全国。
《大明律》的体例以吏、户、礼、兵、刑、工六部分类
以适应当时的以六部为中心的政权体制。条文共四百六十条。内容继承唐律，参据元律，而有所添加，如军官、军人犯罪免徒流，杀军人者以余丁抵充以及大臣不得专擅选官，军民不许上言大臣德政，官吏不许交结近侍官员，功臣不得私置田土等限制官员的律文。户律中增入有关征收课程、钱债、市廛等条款，兵律中规定军
民不得违禁下海等等此外，如豪民隐蔽差役、揽纳税粮、典雇妻女、逐婿嫁女、取乐人为妻妾、僧道娶妻、禁巫师邪术等等有关条款，则是继承元律的条文。
《大明律》的制定，反映出加强皇权统治的特征，如对“十恶”罪的处置较前朝更为加重，贵族犯罪的“八议”制要由皇帝亲自决断，对大臣的政治权益也做了多方面的限制，加强了钳制。大明律颁布后，明太祖明确规定，后世君臣不得更改修定，因而明代二百六十多年间，《大明律》的条文，不再有变动。（《明太祖实录》卷八二）。
《大明律》之外，明太祖又以皇帝的名义，先后颁行了《大诰》四编，目的是“取当世事之善可为法，恶可为戒者，著为条目，大诰天下。”（《明太祖实录》卷一七九）。《大诰》一编颁行于一三八五年共七十四条，次年续编共八十七条，三编共四十三条。一三八七年又颁 《大诰武臣》共三十一条。《大诰》的内容是选编刑事犯罪案例，由皇帝亲写按语和判决处理，作为一种范例，具有法律效能。《大诰》选编的案例多属于惩治地方胥吏和豪强，对于揽纳户、诡寄田粮者、倚法为奸者，官吏长解卖囚者都加以重罪，对“寰中士夫不为君用”的不合作者，也处以极刑并抄没家产。《大诰》中的“例”实际成为律外之法。因《大明律》不准改动，此后历朝不断增加新“例”。以例为名，以至律外附例的数量超过了律文，成为明朝法律的特点。
五、军制
明太祖在起义过程中，依元制建立统军元帅府，后改大都督府。军兵的建制也参据元朝旧制，分为万户、千户、百户。尔后兼并诸军，称号混杂。一三六四年始建营伍法。下令说：“诸将有称枢密、平章、元帅、总管、万户者，名不称实，甚无谓。其核诸将所部，有兵五千者为指挥，满千者为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。”（《明太祖实录》卷十四）一三七四年左右，立卫所制，设置内外卫所。一卫统五千户，一千户统十百户，百户领总旗二，总旗领小旗五，小旗领军十。在千户之上原有领五千人的指挥，现定五千六百人为一卫，长官为指挥使。改为五千六百人，是因为各级都增加了军官人数。正规的卫所制是：卫（五千六百人）由五个千户所组成（每个千户所为一千一百二十人），千户所下分为十个百户所（每个百户所为一百一十二人），百户所下辖两个总旗，每个总旗下辖五个小旗，每个小旗有十名军士。元代于民户之外，另立军户。卫所军兵也单独立“军籍”，家属为军户。在卫的军士为正军，于弟称为余丁或军余，正军出缺，由军户子弟补充，是世袭兵制，也是职业兵制。军队的武器装备、军装及军粮由官府供给，军户家小的生活则靠军士屯田生产来维持，按月发米，称为月粮。明初规定，每个军士授田五十亩为一份，官给耕牛农具，实行屯田。边地守军十分之三守城，七分屯种，内地二分守城，八分屯种。卫所军是一种常备军，明太祖曾说“攘外者所以安内，练兵者所以卫民。凡中国之民安于畎亩衣食，而无外侮之忧者，有兵以为之卫也”。（《明太祖实录》卷八五）据一三九二年统计，全国共有卫所军一百二十万人，（《明太祖实录》卷二二三 ）如据次年所建都司、卫所应有军士数推算，应有一百八十余万人。
卫所军制是在改革元朝旧制的基础上建立的新的军事制度。它适应防御北边稳定秩序的需要，对巩固明朝的统治，起着重要的作用。
六、学校与科举
明太祖在建国前即设立国子学，作为培养人才之所。明朝建立后仍依元制在京师设国子监作为高等学府，设祭酒、司业及监丞、博士、助教、学正、学录、典籍、掌馔、典簿等官。祭酒、司业、监丞主持国子监事。博士、助教司教育，其余为管理教务、庶务的官员。学生来源有贵族、官员子弟及各地送考的优秀学生，还有少数的来自琉球、日本、暹罗等国的留学生。学生通称监生，由国子监负担费用，已婚者并可携带家口就学。监生分为率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂（班），每半个月有假一日。学习内容有《大诰》、《大明律令》、四书、五经、刘向《说苑》等书。学制两年到三年，初入学在正义、崇志、广业三堂（班），然后升入修道、诚心二堂，学习满六百天，经史成绩优秀者升入率性堂，如在一年内考试满八分者即可授任官职。（《南雍志》卷一）
国子监立有严格的校规，对监生的思想行为、学习生活管束极严。一三九三年的统计，国子监的学生达到八千一百二十四名。（《南雍志》卷十五），是当时世界上规模宏大的国立大学。
一三六九年十月，令各府州县都设立学校，“育人材、正风俗”（傅维鳞《明书》卷六二）。曾选派监生中年长学优者三百六十多人到各地方学校担任教职。地方学校不仅设立在府州县所在地，也在边远卫所及少数民族地区开设。学习内容“自九经四书三史通鉴，旁及庄老韬略。侵晨学经史学律，饭后学书学礼学乐学算。晡后学射。”（《鲒崎亭集外编》卷二二）各地乡里也都开塾立师，以普及教育，据说“天下穷乡僻壤，咸有学有社。”（傅维鳞《明书》卷六二，学校志）“乡里则凡三十五家，皆置一学，愿读书者，尽得预焉。”（《鲒埼亭集外编》卷二二）府、州、县学都设有教育官员，府设教授，州设学正，县设教谕各一人。又设训导，府四、州三、县二。生员额数是京府六十人，府四十人，州三十人，县二十人。生员可免差摇二丁。正额外增收，叫作增广生员。学校师生有月廪食米，每人六斗，另给鱼肉。初入学者为附学生，经过考试，为秀才，或称诸生，取得参加科举考试的资格。
官府对学校管理十分严格，并规定各级学校学生对军国政事不许建言，作为禁例。国子监到府州县学都置有刻有禁例的“卧碑”。（谭希思《明大政纂要》卷六）
府县学校只是培育人才。生员入仕的途径，主要还是通过科举考试。一三七○年明朝始行科举考试。在京师（南京）及各省开乡试。考试分三场，初场试五经义二道及四书义一道。第二场试“论”一道。第三场试“策”一道。中式后十日举行复试，科目是骑、射、书、算、律五科。乡试各有限额。京师直隶府州百人，河南、山东、山西、陕西、北平、福建、江西、浙江、湖广各四十人，广东、广西各二十五人。一三六一年各地举人在京师举行会试，取中进士一百二十人。以后的科举，大体上都按此程序进行。府州县学先举行县考，中式者为秀才。每三年举行一次省试，即乡试，中式者为举人。第一名为解元。举人可参加京师举行的会试第一名称会元。会试中式者才有资格参加皇帝主持的最高考试，称作 “廷试”或“殿试”，考中者为“进士”。进士分三甲（等），一甲只取三名，一甲第一名为状元，第二名为榜眼，第三名为探花，资格是“赐进士及第”。二甲若干人为“赐进士出身”，三甲若干人为“赐同进士出身”。取得“进士”资格者，便可被任用力官员。状元授翰林院修撰，榜眼、探花授编修。二甲考选庶吉士者皆充翰林官，其余授给事中或御史，或六部的主事，内阁中书，行人、太常、国子监博士，或任府推官、知州、知县等官。（《明史》卷七十）
明初科举考试的程序和办法，大体上都是沿袭元代科举的旧制。元代的“御试”改称“廷试”。元代的举人，原是各地推举应试的考生的泛称，明代才逐渐成为省试中式而取得的专称。考试内容以四书、五经朱熹、蔡沉等注本为依据以及考试经义、策等体制，也都是承袭元朝。元仁宗行科举后，为便于考生特别是蒙古、色目考生撰写合格的文卷，有所谓“八比”的文章格式（制义矜式）。明初称为“八股”。应试的文章，分为起、中、后、末四个段落，各有二股即二比。文句排偶比对。比与比之间用文句相联。最后以末比（又称束比）收结。各场应试文卷，均有限定的字数。元制限三百字至五百字以上。以经书为内容，以八股为格式的应试文章，自然不能不极大地束缚人们的才思和文思，流为应考求官的陈词滥调。
元代科举，蒙古、色目与汉人、南人分别考试，分榜录取。明初取消此制，除法律规定的“贱民”外，一般平民和农民不分族别和贫富都可应考。依此制度，明王朝可以从社会上广泛吸收人才，补充官吏，但仅凭应考的八股文章并不能选取经世人才。一三七三年二月，明太祖下诏说：“朕设科举以求天下贤才，务得经明行修、文质相称之士，以资任用”，“朕以实心求贤，而天下以虚文应朕，非朕责实求贤之意也”（《明太祖实录》卷七九）。诏令暂停科举，改由地方官员荐举各种人才。荐举科目有贤良方正、孝弟力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等科目。实行荐举后，出现更多的弊病。一三八四年又诏令恢复科举，并颁布科举成式，以为定制。科举成式基本上仍是原来实行的考试程序和考试内容。依元朝旧制，增加了考拟判语和诏诰章表等文体。四书义增为三道，经义增为四道，但各许减一道。经史时务策增为五道，许减二道。每道题目的答卷字数，减为二百字至三百字以上。科举定制后，历朝沿袭，影响是深远的。
（四）赋税与屯垦
明朝建国前后，面临着社会经济残破，人口流失，田土荒芜，经济